세법개정으로 중소기업의 현금흐름 개선을 지원하기 위해 2021년 발생한 결손금에 한하여 결손금 소급공제 허용기간을 2년으로 확대한다. 이미 중소기업에 대해 직전 과세연도의 소득세·법인세 납부세액을 한도로 결손금 소급공제 적용하고 있었으나, 2021년 발생한 결손금에 한하여 소급공제기간을 직전 2년(직전 과세연도 2020년 및 직직전 과세연도 2019년)으로 확대한다.
1. 관련 규정
법인세법 제72조(중소기업의 결손금 소급공제에 따른 환급)
조세특례제한법 제8조의4(중소기업의 결손금 소급공제에 따른 환급 특례)
조세특례제한법 제8조의 4 【중소기업의 결손금 소급공제에 따른 환급 특례】
중소기업에 해당하는 내국인은 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도에 「소득세법」 제19조 제2항 및 「법인세법」 제14조 제2항에 따른 결손금이 발생한 경우 「소득세법」 제85조의 2 및 「법인세법」 제72조에도 불구하고 직전 2개 과세연도의 소득(거주자의 경우에는 해당 중소기업의 사업소득에 한정한다)에 대하여 부과된 소득세액 또는 법인세액을 한도로 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청할 수 있다. (2021. 12. 28. 개정)
2. 결손금 소급공제 신청 적용대상
결손금 소급공제를 받기 위해서는 다음의 적용 요건을 충족해야 한다.
첫 번째. 중소기업에 해당하는 내국법인이어야 한다.
일반법인의 경우에는 결손금을 차후 연도로 이월시키는 이월공제만 가능하다.
두 번째. 법인세 신고기한 내에 신청서를 제출해야 한다.
세무당국의 허가는 불필요하다.
세 번째. 법인세 신고기한 내에 당기와 전기의 법인세를 각각 신고해야 한다.
3. 환급세액의 계산방법
직전연도에 실제로 납부한 세액을 한도로 하여 결손금을 차감한 과표로 직전 사업연도 산출세액을 재계산하여 환급
환급세액 : MIN(①,②)
① 직전 사업연도 산출세액 - (직전 사업연도 과세표준 - 소급공제결손금) x 직전 사업연도 세율
② 직전 사업연도 산출세액 - 직전 사업연도 공제감면세액
※ 여기서 말하는 산출세액은 토지등 양도소득에 대한 법인세와 미환류소득에 대한 법인세를 제외한 세액인 각사업연도소득에 대한 산출세액을 의미한다.
4. 환급가산금 기산일
결손금 소급공제신청서에 의하여 신고한 날(신고한 날이 법정신고 기일 전인 경우에는 해당 법정신고기일)부터 30일이 경과하는 때의 다음날
5. 환급세액의 추징사유
다음 사유에 해당되는 경우에는 환급세액( 과다하게 환급한 세액 상당액)에 이자상당액을 더한 금액을 해당 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수한다.
① 결손금 소급공제 신청으로 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우
② 결손금이 발생한 사업연도의 직전 사업연도에 대한 법인세 과세표준과 세액을 경정함으로써 환급세액이 감소된 경우
③ 중소기업에 해당하지 아니하는 내국법인이 법인세를 환급받은 경우
6. 환급세액의 추징세액 계산방법
① 환급취소세액 =
결손금소급공제로 인한 당초 환급세액
x (경정으로 감소된 결손금액으로서 소급공제 받지 아니한 결손금을 초과한 금액 / 소급공제 결손금액)
② 이자상당액 = 환급취소세액 x 추징기간 일수 x 이자율
7. 주요 유권해석 사례
○ 결손금 소급공제 환급세액을 계산시 직전사업연도분 수정신고신고납부된 법인세 포함 여부
결손금 소급공제에 의하여 환급받을 세액은 직전사업연도에 대한 수정신고납부세액(가산세 제외)을 포함하여 계산해야 함.(법인46012-1960 (1999.5.26.))
○ 결손금 소급공제의 의한 환급신청이 경정청구인 대상인지 여부
법인세법 72조의 규정에 따라 결손금 소급공제에 의한 환급을 받은 법인이 경정으로 인하여 직전 사업연도의 법인세 과세표준금액이 증가된 경우에는 경정청구 절차에 의하여 추가로 환급신청를 할 수 있음. 다만, 당초부터 환급신청서를 제출하지 아니한 경우는 제외(법인46012-1644 (2000.7.26.))
○ 과세표준 신고시 결손금 소급공제 신청을 하지 않은 법인의 소급공제 적용 여부
결손금 소급공제를 적용받고자 하는 사업연도의 법이넷 과세표준 신고기한 내에 소급공제법인세액 환급신청을 하지 아니한 경우에는 당해 결손금소급공제에 의한 환급을 적용 받을 수 없는 것(법인46012-1314(2000.6.7.))
○ 신고기한 종료일 현재 부과되지 아니한 법인세액의 환급 가능 여부
법인세 신고기한 종료일 현재 부과되지 아니한 직전 사업연도의 법인세액은 법인세법 제38조의2 규정에 의한 결손금소급공제 환급신청 대상 세액에 포함되지 아니함.(법인46012-1255(1998.5.14.))
○ 해산등기와 함께 폐업한 법인의 의제사업연도 기간 중에 발생한 결손금도 결손금소급공제에 따른 환급이 가능한 지 여부 (청산중인 중소기업에 대한 결손금 소급공제에 의한 환급규정의 적용여부)
법인이 사업연도 중에 조세특례제한법 시행령 제2조제1항 본문의 규정된 사업을 폐업하더라도 동법 시행령 제2조의 규정에 의한 중소기업에 해당하는 경우에는 그 폐업일이 속하는 사업연도에 발생한 결손금에 대하여 법인세법 제72조(결손금소급공제에 의한 환급)의 규정을 적용할 수 있는 것임(법인46012-297(2003.5.9.))
○ 사업을 영위하지 않는 휴업중인 법인의 환급 가능 여부
사업을 장기간 휴업중인 법인으로서 토지 등 양도차익만 있는 법인은 법인세법 제38조의2 규정에 의한 결손금 소급공제에 의한 환급을 적용받을 수 없음 (법인46012-633(1998.3.14.))
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